El Concilio Vaticano II marcó, un antes y un después en la vida de toda la Iglesia en su relación con el mundo y dentro de su propio seno. En el contexto de la cultura contemporánea, la formación de los futuros sacerdotes y la vida de los seminarios formaron parte de los temas tratados en las aulas conciliares.
En octubre de 1965, el Decreto Optatam totius, abrió las puertas para que la formación sacerdotal se adaptara a las necesidades pastorales de cada región. Este documento, iluminador e inspirador, buscaba dinamizar nuevas propuestas que tendieran al trabajo y fomento de las vocaciones sacerdotales.
«Los alumnos desde los umbrales de su formación han de iniciarse con un curso de introducción, prorrogable por el tiempo que sea necesario. En esta iniciación de los estudios propóngase el misterio de la salvación, de forma que los alumnos se percaten del sentido y del orden de los estudios eclesiásticos y de su fin pastoral y se vean ayudados, al propio tiempo, a fundamentar y penetrar toda su vida de fe, y se confirmen en abrazar la vocación con una entrega personal y con alegría del alma». (OT n° 14)
El texto conciliar hablaba de un curso de introducción antes de iniciarse en los estudios eclesiásticos. En esa época salió una revista del CELAM que también planteaba la necesidad de un año introductorio.
Entre 1966 y 1967 los superiores del Seminario fueron buscando las respuestas que esos tiempos exigían. Soñaban con un primer año distinto, donde los jóvenes pudieran madurar y consolidar su vocación en un clima de intensa vida espiritual. Para lograrlo necesitaban un ámbito adecuado que permitiera mayor tiempo para la oración y para la lectura de la Palabra de Dios. También se plantearon la necesidad de un nuevo estilo formativo en pequeñas comunidades.
La llegada de Monseñor Aramburu en el año 1967 como coadjutor a la Arquidiócesis de Buenos Aires implicó el inicio de una reforma integral de la diócesis aplicando el espíritu del Concilio. Junto con los superiores del Seminario fueron madurando un nuevo esquema formativo para los futuros sacerdotes.
La idea del año introductorio comenzó a tomar forma. La búsqueda de instalaciones adecuadas para las necesidades fue una tarea que llevó su tiempo. Finalmente apareció la idea de la casa de San Isidro. El Arzobispado agradeció a las hermanas de la Virgen Niña, por la fecunda tarea prestada a lo largo de veintinueve años de generosa siembra y reubicó a los chicos que vivían y estudiaban en ella. En el mes de noviembre de 1967 algunos de los formadores comenzaron a delinear los objetivos y actividades, junto con las clases y los profesores para dictarlas.
En marzo de 1968 abría sus puertas el Curso Introductorio en el «Instituto Vocacional San José» para vocaciones mayores de dieciocho años. Cuando se abrió el Curso Introductorio, se realizó una nueva remodelación para que la casa fuera más cómoda y prepararla a las nuevas exigencias. Estas refacciones hicieron posible la preservación de la propiedad en su entorno natural con todo su esplendor original. El objetivo principal del año era la maduración de la vocación y la profundización del discernimiento vocacional en un contexto de una mayor vida de oración.